Die Geburt Friedrichs zur Weihnachtszeit 1194 auf dem Marktplatz von Jesi erschien den damaligen Zeitgenossen wie ein Omen, das Erstaunliches für die Zukunft andeutete. Trotz seines Anspruchs auf den Thron war seine Rolle als zukünftiger Herrscher jedoch alles andere gefestigt. Friedrich verlor seine Eltern in früher Kindheit und wurde von adligen Vormündern erzogen, die ihre Machtinteressen fest im Blick hatten. Die Legende sagt, er habe seine Kindheit auf den Straßen Palermos auf Sizilien verbracht. Tatsächlich genoss der intelligente Junge aber eine exzellente Ausbildung, konnte lesen und schreiben und sprach zahlreiche Sprachen wie Arabisch. Mit 16 Jahren zog er über die Alpen, um seine Herrschaftsansprüche durchzusetzen, was erst nach konfliktreichen Jahren und nach Zugeständnissen gelang. 1220 wurde er zum Kaiser gekrönt und versuchte, die universale Herrschaftsidee seiner Vorgänger umzusetzen. Besonders in Italien und mit dem Papst sind die Jahre bis zu seinem Tod im Jahr 1250 ein Wechselspiel aus Diplomatie, Krieg und Ruhephasen.

Die große Leidenschaft Friedrichs II. war die Falkenjagd. Das Falkenbuch „De arte venandi cum avibus“ (Über die Kunst mit Vögeln zu jagen) beschreibt über 100 verschiedene Vögel und ihr Verhalten systematisch und setzte Maßstäbe in der Genauigkeit der Arbeit. Bis ins 18. Jahrhundert hinein galt es als wichtiger Leitfaden für die Jagdliteratur und die Anfertigung wissenschaftlicher Arbeiten.

An seinem Hof versammelte Friedrich bedeutende Gelehrte aus dem christlichen, jüdischen und muslimischen Raum. Damit machte Friedrich, selbst vielseitig interessiert und gebildet, seinen Hof zu einer Begegnungsstätte des Wissenstransfers zwischen den drei großen Kulturkreisen des Mittelmeerraums. Mit Leonardo da Pisa, besser bekannt als Fibonacci, besprach Friedrich mathematische Fragen, mit dem Schotten Michael Scotus hatte er einen der bekanntesten Gelehrten und Übersetzer für arabisch-philosophische Texte an seiner Seite. Praktische Ergebnisse waren beispielsweise die neuartigen Gesetze gegen Umweltverschmutzung, die 1224 gegründete Universität von Neapel oder die genau regulierte Ausbildung angehender Mediziner. Allerdings werden Friedrich auch grausam anmutende Experimente nachgesagt wie beispielsweise die Betreuung von Neugeborenen ohne ein einziges Wort seitens der Ammen, um die Sprachentstehung zu verstehen.

Friedrich schuf in Unteritalien und auf Sizilien einen straff organisierten Verwaltungsapparat mit einem neuen Rechtssystem. Mit den 1231 erlassenen Konstitutionen von Melfi wurden mit über 200 Vorschriften und Gesetzen modern anmutende Strukturen geschaffen, die die Verwaltung auf den Kaiser ausrichteten und die bis in die Zeit Napoleons in Unteritalien bzw. Sizilien ihren Einfluss bewahrten.

In erster Linie baute Friedrich II. Burgen und Schlösser. Innerhalb von zehn Jahren ließ er mehr als zweihundert neue Bauten errichten. Sein wohl bekanntestes Bauwerk ist das Castel del Monte bei Foggia in Italien. Die Funktion dieses Kastells konnte bis heute nicht eindeutig geklärt werden.
Ungewöhnlich ist seine Form des Achtecks, das viele Bedeutungen aufweist, etwa als Statussymbol des kaiserlichen Willens mit der Anlehnung an die achteckige Pfalzkapelle in Aachen, als Verweis auf die Auferstehung Christi oder als Synthese des Wissens aus den Bereichen Architektur, Mathematik, Musik, Literatur und Astrologie.

Die gewaltsame Auseinandersetzung und den Krieg scheute Friedrich II. ebenso wenig wie seine Zeitgenossen, wie die wiederholten Auseinandersetzungen in Oberitalien beispielsweise zeigten. Aber er verstand es auch, geschickt zu verhandeln. Diese Gabe der Verhandlung war ihm auf seinem Kreuzzug ins Heilige Land von großem Nutzen. So gelang es ihm durch einen Kompromiss Jerusalem 1229 sowohl für Christen als auch Muslime zu öffnen. Diese fortschrittliche Lösung und die Art ihres Zustandekommens riefen schon damals im Abend- wie im Morgenland Verwunderung hervor.

Mit einem wohl 1251/52 verfassten Nachruf aus der Feder von Matthäus Paris, einem Chronisten, begann kurz nach Friedrichs Tod die Begründung seines Herrscher-Mythos. In diesem wurde Friedrich als „Staunen der Welt“ bezeichnet. Seine Wahrnehmung fällt – je nach Blickwinkel seiner Freunde und Gegner – kontrovers aus, hebt aber fast durchgängig seine Modernität hervor. Besonders im 19. Jahrhundert trug der Staufer-Mythos zum identitätsstiftenden Geschichtsbild einer Nation bei, die auf der Suche nach sich selbst war. Die gegenwärtige Forschung erkennt unter anderem die Versuche, den Staat von der Kirche zu lösen.